Между тем практическая морская служба Федора Федоровича Матюшкина подходила к концу. С 1852 г. началась его береговая деятельность на высших должностях в Морском министерстве. За его плечами остались десятилетия корабельной жизни, скитаний по морям и океанам всего земного шара. 29 апреля 1852 г. контр-адмирал Матюшкин назначается вице-директором Инспекторского департамента Морского министерства и членом комитета, учрежденного для составления Морского устава. В докладе на имя императора Николая I морской министр А.С. Меншиков писал: «…находя командира 1-й бригады 3-й флотской дивизии контр-адмирала Матюшкина способным занять вакантное место вице-директора Инспекторского департамента Морского министерства …имею счастие испрашивать на это назначение высочайшего соизволения».

	Высочайший приказ № 1178 от 29 апреля 1852 г.о назначении командира 1-й флотской дивизии контр-адмирала Ф.Ф. Матюшкина вице-директором Инспекторского департамента Морского министерства. Типограф. экз.  РГАВМФ. Ф. 283. Оп. 2. Д. 2584. Л. 2
	Портрет генерал-адъютанта, адмирала светлейшего князя А.С. Меншикова. [1850-е гг.] РГАВМФ. Ф. 315. Оп. 1. Д. 636. Л. 126 об.

Начавшаяся Крымская война вновь изменила служебную деятельность Федора Федоровича. Хотя основные действия развернулись на Чёрном море, но английский флот двинулся и к балтийским берегам России: к Кронштадту, Петербургу, Свеаборгу. Высочайшим приказом № 1298 от 2 июня 1854 г. Ф.Ф. Матюшкин назначается исправляющим должность главного командира и военного губернатора крепости Свеаборг, а высочайшим указом 24 июня – заведующим морской частью в крепости. Он занимал этот пост до 10 ноября того же года, когда был назначен членом генерал-аудиториата.

	Отношение управляющего Морским министерством, великого князя  Константина Николаевича контр-адмиралу Ф.Ф. Матюшкину о назначении его исправляющим должность главного командира и военного губернатора крепости Свеаборг и подчинении его генерал- лейтенанту, инженеру Сорокину. 13 июня 1854 г.  РГАВМФ. Ф. 283. Оп. 2. Д. 2927. Л. 3
	Указ императора Николая I управляющему Морским министерством великому князю Константину Николаевичу о назначении контр-адмирала Ф.Ф. Матюшкина заведующим морской частью в крепости Свеаборг. 30 июня 1854 г.  РГАВМФ.  Ф. 283. Оп. 2. Д. 2927. Л. 8, 8 об.
	Записка контр-адмирала Ф.Ф. Матюшкина с предложениями по укреплению крепости Свеаборг. 23 сентября 1854 г.    РГАВМФ. Ф. 224. Оп. 1. Д. 261. Л. 72-79
	Указ императора Николая I Правительственному сенату о назначении заведующего морской частью в крепости Свеаборг контр-адмирала Ф.Ф. Матюшкина членом Морского генерал-аудиториата. 17 ноября 1854 г. РГАВМФ. Ф. 283. Оп. 2. Д. 2993. Л. 3

Великий князь Константин Николаевич в записке к Ф.Ф. Матюшкину просил «…принять на себя труды ныне же заняться соображением какие, по Вашему мнению, желательно бы произвести в течение осени и зимы устройства дабы в навигацию будущего года укрепить Свеаборгскую крепость и порт столь надежным образом, чтобы флот наш находился вне опасности от нападения неприятеля и предлагая, что необходимые денежные средства будут ассигнованы…» И далее: «… Мнение Ваше по сему предмету прошу представить Мне совершенно конфиденциальным способом с изложением при том в чем заключаются недостатки нынешней системы укреплений, которую Вы имели полную возможность  изучить в подробности…». Матюшкин застал дела в самом плачевном состоянии. Об этом читаем в его записке от 23 сентября 1854 г.: «Трудно недостроенную крепость, оставленную без всякого внимания более сорока лет, привести в продолжении нескольких зимних месяцев в столь надежный образ, чтобы флот наш находился вне опасности от нападения неприятеля». Однако Матюшкин твердо верил в мужество русских людей – защитников крепости; он заявлял: «Оборона в русском матросе и солдате, и Свеаборг англичанам не взять…»

Энергия, талант Матюшкина ярко проявились в организации оборонительных работ. В записке от 21 ноября [1854 г.] он писал: «… 1. Очистить так называемый Варгенский канал, т.е. собственно порт от затонувших блок-шифов и накопившегося ила… 2) набережную по Варгенской стороне канала сделать в 2 фута выше ординарной воды с подъёмом до горизонта плотины, отдаляющий сухой док, на всём этом протяжении сделать две пристани для поставки паровых машин, больших тяжестей и артиллерии на суда…». Федор Федорович подробно давал указания по укреплению островов Стуро-Остер-Сварт, Варген, а также по комиссариатской и строительной частям. Огромное значение придавал Матюшкин минному заграждению: «…защита крепости с моря, думаю, будет самая действенная минами...». В итоге, вход в бухту преграждают «адские машины» (гальванические мины заграждения), по-новому устанавливаются береговые артиллерийские батареи. Они располагаются так, чтобы поражать неприятеля, а не друг друга, как это получалось ранее. Выросли крепостные укрепления. 
Английская эскадра, вошедшая в Финский залив летом 1855 г., в течение 45 часов жестоко бомбардировала крепость, но Свеаборг не сдался. Англичане вынуждены были прекратить военные действия на Балтике.

	Уведомление председателя Морского генерал-аудиториата от 10 декабря 1854 г. в Инспекторский департамент Морского министерства о приведении к присяге на должность члена Морского генерал-аудиториата контр-адмирала Ф.Ф. Матюшкина.  РГАВМФ. Ф. 283. Оп. 2. Д. 2993. Л. 11
	Клятвенное обещание на верность службы Ф.Ф. Матюшкина. 1854 г. Автограф.  РГАВМФ.  Ф. 33. Оп. 4. Д. 316. Л.8
	Карта Свеаборгского рейда. РГАВМФ. Ф. 326. Оп. 1. Д. 12377
	Проект Свеаборгского порта. [1854–1855 гг.] Автограф контр-адмирала Ф.Ф. Матюшкина. РГАВМФ. Ф. 224. Оп. 1. Д. 261. Л. 121

В 1856 г. Матюшкин назначен цензором Морского министерства, с совмещением с должностью генерал-аудитора. 26 августа этого же года Федор Федорович за «отлично-усердную службу» был произведён в вице-адмиралы и награждён орденом св. Анны 1-й степени. 12 марта 1858 г. он одновременно был назначен председателем Морского ученого комитета (исполнял эту должность до августа 1864 г.). 30 августа 1861 г. высочайшим указом последовало повеление Ф.Ф. Матюшкину присутствовать в Правительствующем сенате, где он был присутствующим во II отделении 5 департамента. За Федора Федоровича ходатайствовал великий князь Константин Николаевич. В письме к министру юстиции графу В.Н. Панину с пометой «конфиденциально» он писал: «г. Матюшкин по званию члена морского генерал-аудитора занимался постоянно судебными делами и известен мне своим усердием, благонадежностью и высокой честностью, и по сему я полагаю, что он будет весьма полезен в звании сенатора...»
 

	Формулярный список о службе и достоинстве члена Морского генерал-аудиториата, вице-адмирала Ф.Ф. Матюшкина. 1856 г. РГАВМФ. Ф. 406. Оп. 3. Д. 463. Л. 254–260
	Телеграмма генерал-адъютанта графа А.В. Адлерберга управляющему Морским министерством, генерал-адъютанту Н.К. Краббе о высочайшем повелении «…назначить вице-адмирала Ф.Ф. Матюшкина сенатором, о чем объявить в высочайшем приказе по морскому ведомству…». 30 августа 1861 г.  РГАВМФ. Ф. 283. Оп. 2. Д. 3991. Л. 13
	Портрет управляющего Морским министерством Н.К. Краббе. [Без даты] РГАВМФ. Ф. 3154. Оп. 2. Д. 298. Л. 68

9 июня 1867 г. Федор Федорович Матюшкин был произведён в адмиралы. Помимо службы, он вёл педагогическую и общественную деятельность: писал учебники, организовал выставку, посвящённую Севастопольской обороне. 

Высочайший приказ № 693 от 9 июня 1867 г. о производстве вице-адмирала, сенатора Ф.Ф. Матюшкина в адмиралы за отличие по службе. Типограф. экз. РГАВМФ. НСБ.

Следующий раздел