В летнюю кампанию 1835 г. Матюшкин опять был переведен на Черноморский флот с назначением в 37-й экипаж. А в следующем 1836 г. стал командиром 44-пушечного фрегата «Браилов» (с переводом в 42-й флотский экипаж), который крейсировал у кавказского побережья, неоднократно перевозил десантные отряды и принимал деятельное участие в боях против горцев. В 1838 г. Федор Федорович отличился при занятии устья реки Туапсе и за отличие был произведён в капитаны 2-го ранга. Адмирал М.П. Лазарев, в эскадре которого находился фрегат «Браилов», всегда давал лестные отзывы о служебной деятельности Матюшкина, считал его ревностным исполнителем всех служебных обязанностей, обладающим всеми качествами отличного морского офицера. 1 января 1839 г. Матюшкин назначается командиром 35-го флотского экипажа и 120-пушечного корабля «Варшава», на котором прослужил десять лет, совершая плавания по Черному морю, как для обучения (практики) команды, так и для перевозки войск и грузов. 6 декабря 1840 г. он был произведён в «чин капитана 1-го ранга за отличие по службе…».

«Браилов», 44-пушечный фрегат, на рейде (фотокопия с литографии Прохорова, изданной  Черноморским гидрографическим депо, г. Николаев) РГАВМФ. Ф. Р-2239. Оп. 1. Д. 4817

Весть о трагической гибели своего друга Матюшкин узнал на фрегате «Браилов» в Севастопольском порту. Он пишет полные горького отчаяния строки своему лицейскому товарищу Михаилу Яковлеву:

«Пушкин убит! Яковлев! Как ты это допустил? У какого подлеца поднялась на него рука! Яковлев, Яковлев! Как ты мог это допустить? Наш круг редеет…»
(Давыдов Ю.В. В морях и странствиях. М., 1949. С. 148)    

С переводом на службу в Балтийский флот в 1849 г. Федор Федорович, согласно послужному списку, был произведен в контр-адмиралы с назначением бригадным командиром 3-й бригады 3-й флотской дивизии и в течение двух лет плавал на корабле «Кацбах», командуя отдельными отрядами судов или состоя в эскадре вице-адмирала И.П. Епанчина. В том же году, во время войны Дании с Голштинией, Федор Федорович участвовал в блокаде Кильского залива. Блокада продолжалась весь август, и ни одно неприятельское судно не имело возможности выйти из залива. За эти успешные действия контр-адмирал Матюшкин был награждён орденом Св. Владимира 3-й степени и орденом Даннеброга, пожалованным в 1851 г. датским королем.

Следует упомянуть об одном неизвестном факте в биографии Федора Федоровича Матюшкина. 6 октября 1850 г. потерпел крушение первый русский винтовой фрегат «Архимед», шедший из Дании в Кронштадт. Командир фрегата капитан 1-го ранга В.А. Глазенап был уверен, что в ночь с 5 на 6 октября он пройдет двумя милями севернее острова Борнхольм. Однако из-за штормовой погоды и сильного течения корабль оказался южнее и в темноте выскочил на прибрежные камни у г. Ренне. Вскоре сильным накатом фрегат положило на борт и начало заливать. Глазенап употребил все возможные средства к спасению судна, но «Архимед» стал быстро разрушаться. Операция по вывозу с Борнхольма спасенного казённого имущества была проведена на следующий год. Согласно документам архива, именно Федор Федорович Матюшкин, являвшийся на тот момент начальником особого отряда, состоящего из фрегата «Цесаревич» и пароходофрегата «Камчатка», был направлен к острову Борнхольму на место крушения «Архимеда». Там, согласно отношению Инспекторского департамента от 19 марта 1851 г., он должен был распорядиться «…о перевозке в Кронштадт медных орудий, бомбовых пушек и всего того, что по усмотрению своему он найдёт выгоднее перевезти…». Кроме того, Федор Федорович должен был произвести расчёт с негоциантом Швицером (в других документах Свитцером), который принимал участие в спасении имущества «Архимеда».

	Уведомление инспекторского департамента Морского министерства генерал-интенданту флота об отправке контр-адмирала Ф.Ф. Матюшкина на место крушения пароходофрегата «Архимед». 19 марта 1851 г. Подлинник. РГАВМФ. Ф. 171. Оп. 4. Д. 262. Л. 1–2
	Общий чертеж пароходофрегата «Архимед». 1846 г.  РГАВМФ. Ф. 327. Оп. 1. Д. 1119
	Карта о. Борнхольм. С карты 1867 г., изданной в 1902 г. РГАВМФ. Ф. 1331. Оп. 7. Д. 342

Следующий раздел