Ещё весной 1905 года после возвращения из-за границы вице-адмирал Ф.В. Дубасов был привлечён к участию в работе Особого совещания, созданного по поручению императора Николая II под председательством великого князя Николая Николаевича. Задачей этого Особого совещания была разработка «Положения о Совете государственной обороны» (СГО). Решение об учреждении СГО было продиктовано неудачным ходом ведения Русско-японской войны 1904–1905 гг. В результате работы Особого совещания «Положение о Совете государственной обороны» было утверждено 8 июня 1905 года, а через два дня великий князь Николай Николаевич был назначен председателем СГО. 

14 июня 1905 года Дубасов был впервые назначен постоянным членом СГО и, в связи с этим 8 августа того же года освобождён от должности председателя МТК. Однако поработать в СГО в 1905–1906 гг. ему не пришлось – помешало назначение московским генерал-губернатором, затем, после ранения во время покушения, Дубасов уехал в длительный отпуск за границей для лечения, 2 декабря 1906 г. последовало новое покушение.

6 декабря 1906 года «Высочайшим» приказом по морскому ведомству Дубасов был произведён в адмиралы с оставлением членом Государственного Совета в звании генерал-адъютанта и в должности постоянного члена СГО. В 1907–1908 гг. Дубасову участвовал в заседаниях СГО, на которых рассматривались самые различные вопросы: общие основания обороны Балтийского и Чёрного морей, отчёт командующего войсками Туркестанского округа, вопросы развития флота, приобретения воздушного управляемого шара «Patrie», разработки положения о генерал-инспекторах, порядка мобилизации армии на случай войны с Турцией, о боевой подготовке армии и проекте «Строевого пехотного устава», о перемещении каботажного порта
из Южной бухты Севастополя в одну из ближайших бухт и др. Дубасов активно работал в СГО вплоть до его упразднения в 1909 году.

Одновременно с этим Ф.В. Дубасов являлся членом Государственного Совета, куда был назначен 15 января 1906 года «с оставлением в занимаемой должности и в звании генерал-адъютанта». 21 июля 1906 года Дубасову было установлено содержание по званию члена Государственного Совета в размере 16000 рублей в год. 1 января 1907 года он был вновь назначен к «присутствованию» в Государственном Совете. В течение последующих
лет такое назначение следовало неоднократно.

В Государственном Совете Дубасов входил в «группу правых». Он, в частности, активно работал в Финансовой комиссии по вопросам, связанным с развитием флота и укреплением обороноспособности России. Будучи членом СГО и Государственного Совета, Дубасов не терял связей с Морским министерством, изучал различные аналитические материалы и выполнял отдельные поручения.

Следует отметить, что наряду с активной деятельностью в СГО и Государственном Совете Дубасов продолжал работать в Комитете по усилению флота на добровольные пожертвования, в котором состоял с 1904 года. Кроме того, в декабре 1908 года он стал одним из членов-учредителей (вместе с супругой) «Высочайше» учреждённого Комитета по сооружению храма в память погибших в Русско-японскую войну моряков. 15 мая 1910 года они участвовали в церемонии его закладки (освящение храма состоялось 31 июля 1911 года с участием императора Николая II).

	Ф.В. Дубасов (сидит слева), сын Олег (стоит в центре) и неизвестные лица. [1910–1912]. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1185. Л. 38.
	Письмо великого князя Николая Николаевича управляющему Морским министерством Ф.К. Авелану о назначении в состав особого совещания для выработки положения о Совете государственной обороны генерал-адъютанта Ф.В. Дубасова и приглашении его на заседание 8 мая 1905 г. Санкт-Петербург, 7 мая 1905 г. РГАВМФ. Ф. 417. Оп. 4. Д. 2937. Л. 1.
	Указ Правительствующего Сената морскому министру с объявлением о назначении по высочайшему указу от 20 июня 1905 г. председателя Морского технического комитета генерал-адъютанта вице-адмирала Ф.В. Дубасова постоянным членом Совета государственной обороны с оставлением в должности. Санкт-Петербург, 10 сентября 1905 г. РГАВМФ. Ф. 417. Оп. 4. Д. 2937. Л. 8.
	Указ Правительствующего Сената морскому министру с объявлением об увольнении по высочайшему указу от 8 августа 1905 г.  генерал-адъютанта вице-адмирала Ф.В. Дубасова от должности председателя Морского технического комитета по несовместимости его обязанностей с обязанностями постоянного члена Совета государственной обороны. Санкт-Петербург, 10 сентября 1905 г. РГАВМФ. Ф. 417. Оп. 4. Д. 2937. Л. 7.
	Письмо председателя Совета министров и министра внутренних дел П.А. Столыпина Ф.В. Дубасову. 27 декабря 1906 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 628. Л. 3. «Глубокоуважаемый Федор Васильевич, Ваше мнение будет мною в точности исполнено. Надеюсь, что Ваши мысли не склонились к преуменьшению Ваших сил в деле восстановления значения и величия нашей родины. Не думайте, впрочем, что я желаю влиять на Ваше свободное решение – это было бы делом слишком ответственным. Просто, в теперешнее темное время как-то тянет сплотиться с людьми непоколебимо-стойкими, прямыми и сильными. Верьте в мое к Вам искреннее уважение и преданность. П. Столыпин. 27 декабря 1906 года».
	Приказ морского министра А.А. Бирилева с сообщением о назначении генерал-адъютантов адмиралов И.М. Дикова и  Ф.В. Дубасова постоянными членами Совета государственной обороны на 1907 г. 29 декабря 1906 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 636. Л. 2. Типогр. экз.
	Письмо товарища морского министра И.Ф. Бострема Ф.В. Дубасову с приглашением на совещание в зале Адмиралтейств-совета 12 мая 1907 г. для пересмотра и окончательного установления главнейших элементов проектируемого броненосца водоизмещением 20000 т. [Санкт-Петербург,] 8 мая 1907 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 2–2 об.
	Письмо начальника Морского генерального штаба Л.А. Брусилова с приложением материалов для заседания 25 мая 1907 г. Особого морского совещания на квартире морского министра. С грифом «В[есьма] секретно». [Санкт-Петербург,] 24 мая 1907 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 3.
	Письмо генерал-лейтенанта Генерального штаба Н.В. Дубасова (брата) Ф.В. Дубасову о присылке секретных работ по рекогносцировке побережья Мурмана и Белого моря. [Санкт-Петербург,] 5 октября 1907 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 675. Л. 26.
	Письмо канцелярии Совета государственной обороны Ф.В. Дубасову с приложением материалов по вопросу о приобретении управляемого воздушного шара «Patrie». [Санкт-Петербург,] 14 ноября 1907 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 7.
	Письмо тайного советника А.Н. Чиколева Ф.В. Дубасову с приложением печатного экземпляра своего сообщения о Дальнем Востоке, состоявшегося 31 октября 1907 г. на квартире товарища морского министра. Санкт-Петербург, 25 января 1908 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 9.
	Письмо морского министра И.М. Дикова Ф.В. Дубасову с просьбой представить отзыв о проекте новой схемы организации управления морским ведомством. [Санкт-Петербург,] 19 февраля 1908 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 10–10 об.
	Письмо морского министра И.М. Дикова Ф.В. Дубасову с приглашением принять участие 27 февраля 1908 г. в совещании по обсуждению проекта схемы организации управления морским ведомством, составленным Морским генеральным штабом, с приложением этого проекта и объяснительной записки. [Санкт-Петербург,] 23 февраля 1908 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 11.
	Письмо канцелярии Совета государственной обороны Ф.В. Дубасову с приложением материалов, подлежащих рассмотрению на предстоящих заседаниях. [Санкт-Петербург,] 4 марта 1908 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 12.
	Приглашение Ф.В. Дубасову от имени морского министра И.М. Дикова принять участие в совещании 13 августа 1908 г. по вопросу организации управления флотом. Санкт-Петербург, 9 августа 1908 г.   РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 755. Л. 32. Телеграфный бланк.
	Приглашение Ф.В. Дубасову от имени морского министра на совещание в зал Адмиралтейств-совета для рассмотрения 13 декабря 1908 г. проектов новых линейных кораблей.  [Санкт-Петербург,] 8 декабря 1908 г.   РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 16.
	Письмо председателя Государственного Совета М.Г. Акимова Ф.В. Дубасову с уведомлением об избрании его членом финансовой комиссии на 1909–1910 гг. [Санкт-Петербург,] 17 октября 1909 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 22.
	Письмо начальника Морского генерального штаба контр-адмирала А.А. Эбергарда Ф.В. Дубасову с приложением книг германского морского бюджета на 1909 и 1910 гг. для временного пользования. С пометой: «Сметы возвращены контр-адмиралу Эбергарду 10/XII – [1]909. Ф. Дуб[асов]». 1 декабря 1909 г. РГАВМФ. Ф. 9. Оп. 1. Д. 1037. Л. 23.