8 января 1891 г. весело и сердечно во многих городах России отмечали юбилей службы Боголюбова в Морском министерстве. К этому юбилею моряки тщательно готовились.
За 50 лет службы художник Главного морского штаба Алексей Петрович Боголюбов успел сделать много: в живописи воссоздал историю морских сражений, начиная со времени императора Петра Первого; подготовил талантливых учеников-художников, которые продолжили его деятельность в Морском министерстве; по заданию Гидрографического департамента зарисовал ключевые виды побережья Финского залива, так что его великолепные рисунки вошли в лоцию; основал в Саратове художественный музей имени Радищева и художественную школу, отдавая этому делу всё своё свободное время, имущество; принёс славу отечеству; неподсчитанное число его картин и сегодня продолжает служить его идее «воспитания юношества». О других славных деяниях А.П. Боголюбова ещё расскажут хранящиеся в иных архивах документы, тем более что жизнь и творчество свое он раздавал щедро.
В последующие после юбилея годы Алексей Петрович Боголюбов продолжал исполнять обязанности художника Главного морского штаба. В 1893 году по заданию генерал-адмирала великого князя Алексея Александровна он сделал серию рисунков о визите русской эскадры в Тулон. Добросовестный художник отправился в Тулон в сопровождении своих учеников Николай Гриценко и Михаил Ткаченко. Почти весь октябрь 1893 года А. П. Боголюбов провёл в Тулоне, работал над этюдами, делал зарисовки. В итоге в 1895 г. императору Николаю II были представлены три картины Боголюбова и его учеников, изображающих прибытие русской эскадры на Тулонский рейд 1/13 октября 1893 года, которые затем были переданы в дар городам: Париж, Марсель и Тулон.
23 августа 1896 г., за два месяца до кончины, А. П. Боголюбов написал два письма: исправляющему должность начальника Главного морского штаба контр-адмиралу Ф.К. Авелану и великому князю генерал-адмиралу Алексею Александровичу с просьбой назначить его и двух учеников-художников Н.Н. Гриценко и М.С. Ткаченко в штаб вице-адмирала Н.И. Казнакова на время посещения Шербура русской эскадрой, чтобы иметь возможность работать в порту и на рейде, создав картины посещения императором Николаем II и императрицей Александрой Федоровной этого французского порта. Этой работе он придавал большое значение.
Нынешнее посещение Франции их величествами составляет столь важное значение, что я ежели позволит мне моё несчастное здоровье, непременно хочу его изобразить, почему заранее поеду в Шербург, дабы на воде и просторе изучить местность и суда, которые составляют французскую эскадру.
РГАВМФ. Ф. 417. Оп. 1. Д. 1560. Л. 1–1 об.
Умер Алексей Петрович Боголюбов около 2 часов ночи с 25 на 26 октября (по новому стилю – с 6 на 7 ноября) 1896 году в своей квартире в Париже на Батиньоль 21, от «внезапного разрыва сердца».