В 1730 году для морских адмиралтейских служащих в месте между Мойкой, Екатерингофским и Крюковским каналами была построена часовня во имя Николая Чудотворца, а через 3 года (в 1733 г.) по требованию Адмиралтейств Коллегии на ее месте был устроена полотняная церковь и при ней назначен особый священник. Содержалась эта церковь на средства Адмиралтейств Коллегии.
В 1743 году недалеко от нынешнего Морского Богоявленского Николаевского Собора (где теперь в саду стоит часовня) вместо полотняной была выстроена деревянная церковь.
А еще через 10 лет, указом императрицы Елизаветы Петровны от 27 (16) апреля 1752 года взамен деревянной церкви, было велено построить каменную церковь для морских адмиралтейских служителей, казармы и жилища которых располагались вокруг. Деньги на постройку высочайше было приказано взять из мостовых сумм, которые собирались на мосту через реку Неву (в то время плавучий мост близ Адмиралтейства напротив памятника Петру I).
Строительство церкви началось 26 (15) июля 1753 года и было поручено архитектору Савве Ивановичу Чевакинскому. Стройка находилась в ведении Адмиралтейств Коллегии, с большим участием следившей за постройкой храма.
В 1760 году была освящена нижняя церковь, а 31 (20) июля 1762 года в присутствии императрицы Екатерины II освятили и верхнюю церковь. Тогда же последовало Высочайшее повеление именовать церковь Морским Богоявленским Николаевским Собором...